Angewandte Bioinformatik

24. June 2011 Biowissenschaften
  • Titel: Angewandte Bioinformatik
  • Autor: Jan Teune, Andreas Wilm, Stefan Gräf, Gerhard Steger
  • Organisation: UNI DUESSELDORF
  • Seitenzahl: 124

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Inhalt

  • 1 Linux-Einführung
  • 1 Allgemeines
  • 2 Einführung
  • 1 Was ist Linux?
  • 2 Booten von Linux im Rechenzentrum
  • 3 Einloggen
  • 4 Die Kommandozeile
  • 5 Passwörter
  • 6 Grundlagen des Dateisystem
  • 7 Zugriffsrechte und Gruppen-Zugehörigkeiten
  • 3 Die wichtigsten Befehle
  • 1 Kommandosyntax (man-Pages und –help)
  • 2 Dokumentation
  • 3 Bewegen im Verzeichnisbaum
  • 4 Auflisten, Kopieren, Verschieben, Löschen und Erstellen
  • 5 Manipulieren der Zugriffsrechte
  • 6 Dateien anschauen
  • 7 Dateien editieren
  • 8 Commandline History
  • 9 Ausloggen
  • 4 Übungen
  • 5 Literatur
  • 2 Shells == Muscheln
  • 1 Shells
  • 1 Die Bourne-Again Shell (bash)
  • 2 Wichtige Befehle — TeilII
  • 1 Archivieren von Dateien und Verzeichnissen
  • 2 Suchen und Finden
  • 3 Übungen
  • 4 Literatur
  • 3 Reguläre Ausdrücke
  • 1 Der Stream-Editor sed
  • 1 Kommandozeilensytax
  • 2 Kommentierte Beispiele
  • 2 Übungen
  • 3 Literatur
  • 4 Perl-Einführung
  • 1 Dokumentation
  • 2 Weitere interessante Links
  • 3 Ein erstes Programm — HelloWorld.pl
  • 4 Übungen
  • 5 Perl
  • 6 Perl
  • 1 Kontrollstrukturen und Schleifen
  • 1 Bedingte Anweisungen
  • 2 Schleifen
  • 2 Arrays und Hashes
  • 1 Arrays
  • 2 Hashes — assoziative Arrays
  • 3 LoL — HoH — HoL — LoH
  • 4 Referenzen
  • 5 Übung
  • 7 Perl
  • 8 Perl
  • 1 Sequenzvergleiche – Alignments
  • 1 Exkurs — Dynamische Programmierung
  • 2 Globales Alignment — Needleman-Wunsch-Algorithmus
  • 3 Lokales Alignment — Smith-Waterman-Algorithmus
  • 9 ORF-Tree
  • 1 Anwendungen
  • 2 Weitere interessante Links
  • 3 Übungen
  • 10 BioPerl
  • 1 BioPerl
  • 1 Referenzen in Perl — Wiederholung
  • 2 Module
  • 3 Objekte und Methoden
  • 4 Module in Perl
  • 2 Anwendungen mit BioPerl
  • 1 Einbinden von BioPerl-Modulen
  • 11 RasMol
  • 1 RasMol
  • 1 Dokumentation, Referenzkarte und Tutorials
  • 2 Installation und Setup des Programms
  • 2 Übungen
  • 12 Poland
  • 1 Poland
  • 1 Temperaturgradienten-Gelelektrophorese
  • 2 Übungen
  • 3 Literatur
  • 13 Programme für Multiples Sequenzalignment
  • 1 Multiples Sequenzalignment
  • 1 Vorbemerkung
  • 2 ClustAlW/ClustAl
  • 3 DiAlign
  • 4 Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment (DCA)
  • 2 Signal Recognition Particle RNA (7S RNA)
  • 3 Übungen
  • 4 Literatur
  • 14 Programme zur RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage
  • 1 RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage
  • 1 tinoco-Plot
  • 2 RNAfold und mfold
  • 2 Weitere hilfreiche URLs zu den Übungen
  • 3 Übungen
  • 4 Literatur
  • 15 ConStruct — A
  • 1 ConStruct
  • 1 Einleitung
  • 2 Starten des Programms
  • 2 Übungen
  • 3 Literatur
  • 16 ConStruct — B
  • 1 ConStruct — TeilII
  • 2 Übungen
  • 3 Literatur
  • 17 Logos
  • 1 Sequenz- und Struktur-Logos
  • 1 Einleitung
  • 2 SignalP-Webserver
  • 3 Übungen
  • 18 Perl
  • 1 Programmieren in Perl — RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage
  • 2 Übungen
  • 19 Perl
  • 1 Programmieren in Perl — RNA-Sekundärstruktur-Vorhersage TeilII
  • 1 Übungen
  • 20 PatScan
  • 1 Dokumentation
  • 2 Übungen
  • 3 Literatur
  • 21 Qualität von Vorhersagen
  • 1 Literatur
  • 22 Und nun alles zusammen…
  • 1 Dokumentation
  • 1 Riboswitches
  • 2 Alignmentbewertung
  • 2 Übungen
  • 3 TIPPS
  • 4 Literatur
  • Anhang
  • 1 Poland-Plots der Primer (12.Kurstag – Abschn.2)
  • 2 Poland-Plots der Duplexe (12.Kurstag – Abschn.2)
  • 3 Optimierung eines Strukturelements in ConStruct (15.Kurstag)

Vorschau

Praktikum

Angewandte Bioinformatik II Programmiereinfuhrung ¨

(A-Modul – B-Modul)

Institut f¨r Physikalische Biologie u Heinrich-Heine-Universit¨t D¨sseldorf a u Geb. 26.12.U1 Tel.: 0211/81–15966 u. –14927 bioinformatik@biophys.uni-duesseldorf.de Wintersemester 2007/2008

c 2000-2008 Institut f¨r Physikalische Biologie Heinrich-Heine-Universit¨t D¨sseldorf u a u Das Werk einschließlich aller seiner Teile ist urheberrechtlich gesch¨tzt. Alle Rechte vorbehalu ¨ ten einschließlich der Vervielf¨ltigung, Ubersetzung, Mikroverfilmung sowie Einspeicherung und a Verarbeitung in elektronischen Systemen.

Inhaltsverzeichnis

1. Linux-Einfuhrung ¨

1. 2. Allgemeines Einf¨hrung u 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 3. 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 4. 5.

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1 1 2 2 3 3 4 4 5 7 7 7 8 8 9 10 10 11 11 11

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Was ist Linux? Einloggen Passw¨rter o

Booten von Linux im Rechenzentrum Die Kommandozeile

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Grundlagen des Dateisystem

ugriffsrechte und Gruppen- ugeh¨rigkeiten o Kommandosyntax (man-Pages und –help) Dokumentation Bewegen im Verzeichnisbaum Manipulieren der ugriffsrechte Dateien anschauen Dateien editieren Ausloggen Commandline History

Die wichtigsten Befehle

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Auflisten, Kopieren, Verschieben, L¨schen und Erstellen o

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¨ Ubungen Literatur

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2.

Shells == Muscheln

1. 2.

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. . . . . . . . . . . . . . . 15 15 21 22

Shells: Die Muscheln unter UNI /Linux 1. 1. 2. Die Bourne-Again Shell (bash) Wichtige Befehle – Teil II Suchen und Finden

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Archivieren von Dateien und Verzeichnissen